Состояние воды в бассейне влияет как на качество, так и продолжительность его эксплуатации. Обеззараживание является необходимым пунктом при уходе за водой. Дезинфекция может производиться несколькими способами, среди которых выделяют реагентные и безреагентные способы. К реагентным относят хлорирование, озонирование, бронирование, йодирование, ольгамирование (используется ионы серебра, меди). Безреагентные методы основаны на обработке воды ультразвуком, бактерицидными лучами. Так же существуют комбинированные методы обеззараживания воды, которые подразумевают одновременное использование двух способов дезинфекции, действие одного из которых сохраняется на протяжении определенного времени.